En 1986 se coló en la gran final de esta competición, pero cayó a manos de un Real Madrid muy superior. Con el Mallorca también disputó la Liga de Campeones (aunque ya había debutado con el Real Madrid), y con sus dos goles en la competición, también es el máximo goleador del Mallorca en Liga de Campeones. Aunque en Liga, donde los coruñeses seguían de líderes, no se acababa de dar un golpe encima de la mesa. Así se llegó a la última jornada de Liga, con el Dépor líder, con un punto de diferencia sobre el Barcelona. Con respecto al Caso Negreira, Lendoiro afirmó que los arbitrajes en esa época fueron favorables al Barça (la temporada 93/94 la ganaron los catalanes debido a la diferencia de goles). El Barcelona, que días después jugaría la final de la Copa de Europa contra el Milan, recibía al Sevilla en el Camp Nou. Las celebraciones siguieron durante días no en vano, la Liga se ganó un viernes, curiosamente, con el arbitraje de García Aranda, el mismo que arbitró la final de Copa del 95 contra el Valencia.
Javier Irureta, entrenador procedente del Celta de Vigo, aterriza en el club en la temporada 1998/99 dejándolo en sexta posición, clasificando al equipo en UEFA y alcanzando las semifinales de la Copa del Rey. Final del partido. El Deportivo es campeón de Liga. Sobre esta eliminatoria el entonces presidente Augusto César Lendoiro dudó de la limpieza arbitral: «Me acuerdo de muchas cosas, por ejemplo, la expulsión de Andrade. Curiosamente, la UEFA reconoció que fue un error del árbitro, pero como hubo tarjeta roja había que cumplir un partido. Si no, serían dos. Además, no deja de ser curioso que a Mauro le enseñaron la tarjeta que le impidió jugar aquí la vuelta, pero a ellos no le enseñaron cartulinas cuando allí, en la ida, fueron totalmente agresivos. Son cosas que nadie sabe. Quizá lo sabrán algunos». En este partido se produjo el incendio de una grada, aunque por fortuna no hubo que lamentar daños personales.
Quedaban dos jornadas, el Dépor jugaba en Santander, y una victoria le valía para ser campeón. Pese a todo, a falta de cuatro jornadas para el final, el Dépor aventajaba al Barcelona en tres puntos. Comenzó venciendo a Estudiantes de la Plata por 2 a 1 (en el global) imponiéndose en Sarandí en la ida por 2 a 0 (goles de Guillermo Burdisso y Luciano Leguizamón) y perdiendo en la vuelta, en La Plata, por 1 a 0. En la siguiente fase, es decir los octavos de final, jugaría con Olimpia igualando 0 a 0 en Asunción y en la vuelta, en Sarandí, por un 3 a 2 (goles de Cristian Trombetta, Emilio Zelaya y Gustavo Blanco). Los colores se invierten en los jerséis de visitante, con un pájaro blanco en un óvalo rojo. Esta camiseta retro Arsenal local, con el rojo como color predominante y exquisitos diseños en blanco, captura la esencia del espíritu futbolístico clásico. En este mercado varios futbolistas de importancia dejarían de vestir los colores de los skyblues, tales como Raheem Sterling, Oleksandr Zinchenko y Gabriel Jesus. Pues a mitad de semana se destapó con un hat trick en la Carabao Cup ante este mismo rival.
Este enfrentamiento surgió a partir de la fundación del Liverpool después de un desencuentro entre la junta directiva de Everton y John Houlding. El 19 de mayo del año 2000, el RCD Espanyol visitaba un Riazor hasta la bandera, lleno de colorido, de euforia contenida. El mismo Makaay que haría un doblete para doblegar al Barça por 2 goles a 1, confirmando un inicio de Liga espectacular en su primer año en el equipo. Esos colores no duraron mucho en el club de General Rodríguez, ya que al año siguiente, en 1926, la fuerte atracción de Boca Juniors influirá para que adopten sus colores azul y amarillo en franja horizontal los cuales sigue usando en la actualidad. El Liverpool consiguió arrancar un 0-0 en Italia que lo clasificaba para semifinales tras ganar 2-1 en Anfield. El Dépor quedó eliminado en semifinales de la competición por el FC Oporto, (0-0) en Portugal y (0-1) en Coruña. Los jugadores recorrieron La Coruña en autobús, mostrando su recién estrenado look, con el pelo teñido de amarillo chillón. Véase también: Anexo:Historia del Real Club Deportivo de La Coruña.
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