Como es costumbre el campeón del fútbol mexicano tenía que disputar el torneo local de camisetas manchester united campeones del continente. Enfrentó en los cuartos de final al subcampeón de Guatemala, el Deportivo Marquense, el cual se clasificó a la Copa de Campeones tras haber ganado la Copa Interclubes de la UNCAF. En el Torneo Clausura 2007 el Pachuca terminaría de superlíder nuevamente en el torneo mexicano y, a su vez, lograría otro título internacional: la Copa de Campeones de la Concacaf, derrotando en la final a las Chivas del Guadalajara por medio de penales; Luis Ángel Landín sería el encargado de marcar el penal que consagraría a los Tuzos campeones por segunda vez en el torneo de la Concacaf. Después de una gran actuación en el torneo, Pachuca, campeón del Torneo Clausura 2006, se iba a ver la cara del campeón del Torneo Apertura 2006, las Chivas de Guadalajara. Guadalajara Estadio Hidalgo, Pachuca, Hgo. América Estadio Hidalgo, Pachuca, Hgo. San Luis Estadio Hidalgo, Pachuca, Hgo. Colo-Colo Estadio Hidalgo, Pachuca, Hgo.
Tras superar a importantes rivales, terminaron llegando así a la final, donde se vieron las caras con el favorito Colo-Colo de Chile. Colo-Colo también lo hizo, al fichar a Héctor Tapia, Sebastián Rozental y al argentino Fernando Gamboa, en el primer semestre y repatrió al ídolo albo Gabriel Mendoza, en el segundo semestre. Pachuca enfrentó a Los Angeles Galaxy en el primer partido de la fase de grupos, siendo derrotado en el último minuto por marcador de 2-1. En el segundo partido pachuca no podía perder, por lo que fue obligado a buscar la victoria ante el FC Dallas, sin embargo al minuto 74 Carlos «Pescadito» Ruíz hacia el gol para el equipo texano. La segunda vuelta empieza con un empate a cero ante Osasuna y tras encadenar tres derrotas, una de ellas frente al Real Madrid CF por 2-0 en el Santiago Bernabéu, vuelve a ganar un encuentro ante el Real Betis Balompié por 1-0 en la jornada 24. Tras ese partido, vuelve a encadenar dos derrotas consecutivas y en la jornada 27 vence al Villarreal CF en el Nuevo Los Cármenes. En el partido de vuelta en el Estadio Hidalgo, el Pachuca, con un penal polémico a favor en el segundo tiempo, convertido en gol por parte de Richard Núñez, le dio al Pachuca el 1:0 definitivo y su cuarto título en la historia del club.
El club posee también una sección de videojuegos para teléfonos móviles como Clash Royale, donde fueron subcampeones de España, y actualmente con Arena of Valor. Una final más, la segunda en 4 años, plasmaba un Newell’s Old Boys que se acercó a los puntos más altos del fútbol continental, y conquistó el reconocimiento a nivel internacional. En la temporada 2007 disputarían la recién creada SuperLiga Norteamericana, la cual se adjudicaron la noche del 29 de agosto en Carson, California, venciendo al local Los Ángeles Galaxy, llegando hasta la fase de penales donde el portero colombiano Miguel Calero fue el héroe de la noche atajando un penal a Landon Donovan, dándole así a los Tuzos del Pachuca un título más, encumbrando los grandes años de la institución. En el Torneo Clausura 2006, el Pachuca terminó como Superlíder absoluto, siendo el mejor en temporada regular. En el Torneo Clausura 2004, con la salida de Adolfo Bautista a Guadalajara, como única novedad, en el torneo evidentemente se desmejoró al conseguir 26 puntos, ubicándose como 8.o lugar; enfrentó a Cruz Azul en reclasificación y perdió ambos duelos 1-2 la ida y 0-2 la vuelta.
Previamente había obtenido su pasaje tras finalizar en el segundo lugar del Preolímpico Sudamericano Sub-23 de 2004, venciendo en el último partido a la selección brasileña, quedando esta eliminada. El tercer enfrentamiento fue contra las Chivas Rayadas del Guadalajara, partido que definía el segundo lugar del grupo. Antes del final del primer tiempo extra Christian Giménez conseguiría un gol muy importante para que el equipo hidalguense avanzara a la gran final. La ida en el Estadio Jalisco se empató con trabajos del equipo hidalguense, por lo que el resultado fue 2:2. La vuelta mostró grandes jugadas ofensivas y defensivas por lo que el tiempo regular terminó empatado a 0 goles. Siendo el único representante de México en el torneo, Pachuca enfrentó al Houston Dynamo, empatando a dos tantos en el tiempo regular, por lo que ambos equipos fueron directo a la tanda de penales, en la cual Pachuca resultó vencedor por marcador de 5-3. Ya instalados en la final a partido único, Pachuca enfrentaría nuevamente al Los Angeles Galaxy, en un partido muy cerrado donde se presentó la lesión de David Beckham tras un tapón con Fernando Salazar. Tras una buena actuación en el Estadio Hidalgo Pachuca llevó la eliminatoria al alargue, ya que el marcador en la vuelta era de 4:2 por lo que ambos equipos iban empatados a 4 tantos.
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