En el Torneo Verano 2000; Benjamín Galindo sale del equipo ante la falta de juego, Pachuca inicio irregular al perder contra Monterrey donde se suscita un problema entre Ignacio González y un recoge balones, camiseta futbol luego de un mal torneo se obtienen 17 puntos y no califica convirtiéndose en el tercer equipo en la historia del fútbol mexicano en no calificar como campeón defensor. En el Torneo Invierno 1999, Javier Aguirre continúo en Pachuca contratando a elementos como Alfonso Sosa, Benjamin Galindo, el portero argentino Ignacio González, el defensor Pablo Hernández Roetti. En el Torneo Apertura 2002 continúa Alfredo Tena, contratando elementos como el hondureño Milton “Tyson” Núñez, Martín Boasso, Jaime Ordiales, Ignacio Hierro, Jesús López Meneses y el regreso de José Juan Hernández. En 1992-1993 tuvo un desafortunado regreso descendiendo el mismo torneo con estos resultados, 38 juegos, 10 triunfos, 7 empates y 21 derrotas para 27 puntos y el último lugar del torneo, esta temporada inauguraron el estadio Hidalgo en un encuentro de la fecha 24 ante Pumas con derrota de 2-0. Ya en Primera división A, en 1993-94 califica con 40 puntos pero es eliminado en cuartos. En el Torneo Clausura 2003. Tratando de dejar atrás el último lugar general del apertura, Alfredo Tena fue sustituido por Carlos Leonel Trucco; el boliviano reforzó el equipo con los argentinos Germán Rivarola y los atacantes Víctor Müller y José Manuel Abundis.
Eslovaquia es uno de los equipos nacionales de fútbol más recientes del mundo, después de haberse separado de la selección de fútbol de Checoslovaquia tras la disolución del estado unificado en 1993, con la selección de República Checa como sucesor del equipo checoslovaco. El rival siguiente fue Toluca, en la ida Pachuca sale con mínima ventaja de 1-0 con gol de Marcelino Bernal, en la vuelta Pachuca salía como víctima del Toluca que era el campeón defensor, pero los de Hidalgo sorprendieron a los rojos y les ganaban 2-0 con anotaciones de Pablo Hernán, aunque a 5 minutos del final bajaron la guardia y los Mexiquenses les empataron con goles de José Manuel Abundis y Carlos María Morales, aunque ya no les alcanzó el tiempo para eliminarlos. En el camino derrotó en octavos de final a Defence Force FC de Trinidad y Tobago por un marcador global de 4-1; en cuartos de final a Earthquakes de San José de Estados Unidos por marcador agregado de 3-1; en semifinales a la Liga Deportiva Alajuelense de Costa Rica por 3-1 agregado, y en la final contra a Monarcas Morelia (serie de un solo partido) en el estadio azul, ganado Pachuca 1-0 con gol del argentino Walter Silvani.
Con un juego equilibrado y precavido se realizó un torneo aceptable de 26 puntos ubicado en séptimo lugar, accedió a su primera liguilla en la historia contra Monarcas Morelia en la reclasificación perdiendo el de ida 4-2, los dos goles de Pablo Gómez, Para el de vuelta el estadio Hidalgo lució lleno esperando avanzar, Caballero marco el primero de dos al minuto 8, Morelia decide defenderse y entonces el gol no llegaba, pero agónicamente en tiempo de compensación Marcelino Bernal conecta un envió de tiro de esquina para empatar el global 4-4 y acceder a cuartos de final. En la vuelta primero Pachuca enfrentó un escenario hostil en el estadio Universitario, los locales se fueron al frente con gol de Jesús Olalde al 32’, entonces era cuestión de tiempo para que los Tigres empataran pues dominaron el partido, entonces Silvani que había pasado el juego inadvertido recibió un balón desde la defensa que bajo con el pecho y de bote pronto lo conectó desde el medio campo sorprendiendo a Óscar Dautt para sellar el campeonato empatando el juego 1-1 y poniendo la cifra global de 3-1, Silvani fue el mejor jugador y obtuvo el goleo de esa liguilla con 6 tantos.
Entonces arriba Walter Ormeño sin mucha suerte para dirigir por 11 juegos rescatando 6 puntos, así es reemplazado por tripletas de jugadores como entrenadores la primera dirige 2 juegos y fue conformada por Blanco, ”Tepo” Rodríguez y Francisco Moacyr Santos la segunda por Moacyr, Eduardo Corona y Jesús Zarate esta última dirigió 5 fechas consiguiendo 4 puntos, salvando al equipo en la liguilla por el no descenso contra Atlas donde empataron los dos primeros encuentros 2-2 la ida y 1-1 la vuelta; entonces se debió jugar un duelo más del desempate en el Estadio Nou Camp de León el 3 de agosto de 1971, ganando los tuzos 2-0, con goles de José Madrigal y Cesáreo Costa. En el Invierno 1997, ya de nuevo en el circuito de ascenso, Andrés Fassi guía al equipo al título luego de un buen torneo consiguiendo el segundo lugar general con 35 puntos, llegando hasta la final contra la Real Sociedad de Zacatecas venciéndolo 2-1, el 6 de diciembre, Para el Verano 1998 tiene otro paso importante calificando con 31 puntos como séptimo lugar queda eliminado en cuartos por San Luis, ya en la final de ascenso enfrenta a Tigrillos de la UANL derrotándolos 3-2 en el estadio Hidalgo para ascender por cuarta ocasión en su historia.