Juan Francisco Alcoy arrancó la temporada en el banquillo manteniendo un buen equilibrio de puntos pero el juego no era nada vistoso y esto le costó el puesto en una camiseta barcelona 24/25 decisión polémica. En la temporada 1999-2000 el objetivo era ascender de categoría. Fue una temporada irregular, y solo al final se pudo salvar la categoría con tres victorias consecutivas que dejaron al equipo en la 15.ª posición. El 24 de mayo de 2009, el equipo hace historia: por primera vez desde su creación y al empatar en Alcoy 2-2 en el partido de vuelta con goles de Mena y de Juan Pablo, asciende a Segunda División. El 29 de agosto de 2009, el equipo debutó en la Segunda División A del fútbol español, jugando en el Municipal de Montilivi del Girona FC y ganando por 0 a 1. El primer jugador en marcar en la nueva categoría fue Quique de Lucas.
Quarterback (QB), llamado también «mariscal de campo» en el ámbito hispanoamericano, es el jugador sobre el campo que recibe directamente las instrucciones del entrenador sobre la jugada que se va a realizar. El jugador croata Velimir Perasović fue máximo anotador de la liga en cuatro temporadas consecutivas, seguido por las tres ocasiones de los españoles Emiliano Rodríguez y Alfonso Martínez. En cuanto a la organización, ésta era absolutamente democrática, con comités elegidos y revocables en todo momento, con lo cual se cerraba la puerta a todas las veleidades conspirativas que exigen siempre un régimen de dictadura, y la Liga se convertía -por lo menos para los tiempos normales de paz- en una sociedad exclusivamente de propaganda. El club se hundió económicamente con Luis Oliver Albesa: no había dinero para pagar a los jugadores, que estuvieron muchísimos meses sin cobrar, las oficinas se quedaron incluso sin línea telefónica, el caos era absoluto. Las principales características de un líbero son su libertad en el centro más defensivo de la cancha y la capacidad técnica para saber iniciar el juego y repartir balones.
Se juega de nuevo en el grupo III de 2.ª B. A su llegada hace cambios significativos, como son el escudo y el nombre del club, ambos a semejanza del histórico Cartagena FC para acercar el club a la ciudad de Cartagena. En la ciudad se movían políticos y otras entidades, se creó una plataforma de aficionados para la salvación del club, y cuando todo se veía muy negro llegó la mano salvadora de Francisco Gómez Hernández. Una tímida reacción, unida al descenso del Villarreal CF a Segunda División, que arrastraba a su filial a Segunda B, dio esperanzas de salvación al equipo, que se situaba a cinco puntos de la permanencia faltando cinco jornadas. La temporada 2011/2012 comienza de forma nefasta con seis derrotas en los seis primeros partidos y se llega al parón invernal con la destitución de dos entrenadores: Paco López que fue destituido en la 4.ª jornada y Javi López, destituido en la jornada 18.ª, con el equipo a cinco puntos de la salvación. La temporada 2003-2004 es la primera de Francisco Gómez Hernández al frente del club. Con todo esto se busca el ascenso a Primera División, objetivo buscado la anterior temporada y que al final no se pudo conseguir.
La temporada 2007-2008 significa el declive del gran proyecto de ascenso gestado tres años antes. El equipo cartagenerista comienza la temporada 2010/2011 en la división de plata con una contundente victoria de 1-4 ante el recién descendido Xerez, que lo posiciona líder junto al Betis. En la temporada 1998-1999 debuta en la Segunda división B española con Jesús Aranguren como entrenador. En la temporada 2006-2007 el FC Cartagena intenta seguir la estela del año anterior, el bloque de jugadores es el mismo, camiseta blanca barcelona y se vuelve a intentar el ascenso de categoría pero sin éxito. En la promoción de ascenso el F. C. Cartagena se enfrenta al Club Deportivo Alcoyano. Finaliza la campaña en el puesto 20.º con 40 puntos, solo por delante de CD Alcoyano y Nástic de Tarragona y a 6 puntos del CE Sabadell, equipo que marcaba la permanencia como 19.º clasificado. El objetivo era la permanencia pero poco a poco el equipo se encaramaba a las primeras posiciones. Después del sorteo, la Selección de Colombia compartió el Grupo G junto a las selecciones de Túnez, Inglaterra y Rumania. Como en las anteriores cinco ediciones, la selección estadounidense volvió a clasificarse para el Mundial de Sudáfrica 2010. En la primera ronda, empató con Inglaterra por 1-1 y frente a Eslovenia por 2 a 2, ganando su tercer partido por 1-0 a Argelia con gol de Landon Donovan en los descuentos.