La temporada fue muy movida: José Murcia fue destituido como técnico antes del primer partido de liga, camiseta seleccion portugal Manuel Palomeque y Juan Señor intentaron llevar al equipo a lo más alto hasta que empezaron los problemas económicos. El 8 de noviembre de 2009 tiene lugar en el Estadio Nueva Condomina el derbi entre el Real Murcia CF y el F.C Cartagena saldándose con victoria del equipo visitante por 1-4 con más de 8000 cartageneros en las gradas. En el partido de ida, disputado en el Estadio Cartagonova, el Efesé gana 2-1 con goles de Héctor Yuste y de Samuel Bayón. Sin embargo, a las primeras de cambio la UD Vecindario eliminó al equipo cartagenero, quedando 2-2 en el partido de ida, disputado en Gran Canaria, y 0-1 en la vuelta en el Estadio Municipal Carthagonova. El equipo caería eliminado, pero demostrando ser un equipo compacto ante la adversidad de un conjunto de la Primera División, a pesar de las dos goleadas sufridas (1-4 en la ida, adelantándose en el marcador y 3-0 en la vuelta, disputada en el Camp Nou). La directiva, a pesar de la clasificación para las eliminatorias por el ascenso a Segunda División, decidió rescindir el contrato del técnico Pacheta.
Con la derrota ante el Recreativo de Huelva por 1-0 en la jornada 41.ª el FC Cartagena se despidió matemáticamente a sus opciones de ascenso a Primera División, finalizando la campaña en quinto posición. Sin embargo, una posterior racha de victorias consecutivas acompañadas de un fútbol ofensivo que disfrutabamos cada vez más seguido, llevó al equipo a optar por los puestos de play-off de ascenso, un objetivo al que se llegó a estar muy cerca en la jornada 31 a tan solo 3 puntos del 4.ª por aquel entonces el Ceuta y a 4 puntos del 3.ª. Las últimas jornadas del campeonato dejaron sin opciones al F. C. Cartagena, finalizando el campeonato en 8.ª posición. Comienza la liga de forma satisfactoria, con seis victorias consecutivas (alguna de ellas frente a rivales de categoría y rivales por el ascenso como el Albacete Balompié), situándose líder de la competición y logrando el mejor arranque liguero de la historia del Cartagena en la categoría, superando las cuatro victorias de la temporada 2008/2009, cuando se consiguió el último ascenso a la Segunda División.
Fue una temporada irregular, y solo al final se pudo salvar la categoría con tres victorias consecutivas que dejaron al equipo en la 15.ª posición. A falta de unos días para la finalización del plazo para liquidar deudas ante la AFE, la mercantil Sporto liquida los créditos pendientes de la temporada 2013/2014, salvando del descenso administrativo al club departamental. Una derrota frente a la SD Huesca por 1-0, unida a una serie de marcadores adversos, colocaba al Cartagena virtualmente descendido a la Segunda División B. El 22 de mayo de 2012 se certificó el descenso matemático a la Segunda División B tras la derrota en el Estadio Nuevo Arcángel por 2-0 frente al Córdoba CF. 2-0 y empatando en los últimos quince minutos del tiempo reglamentario. Paco Jémez no llega a un acuerdo para renovar el contrato para la campaña 2009/2010, por lo que se desvincula del equipo. El 13 de marzo de 2014 se realiza la presentación de la nueva presidencia constituida por Paco López y Javier Martínez.
Tras los últimos fiascos, la afición no esperaba nada nuevo para la temporada 2005-2006. Juan Ignacio Martínez era el entrenador y Francisco Gómez Hernández puso a su disposición a una gran plantilla a la que debía conjuntar avalada por el secretario técnico Miguel Torrecilla. De cara a la temporada 2011/2012 se produce un considerable cambio en el club, desde el entrenador, que sería Paco López, pasando por gran parte de la anterior plantilla. Tras las protestas de los aficionados tras la eliminación, Paco Gómez, decide apartarse de la presidencia del club, y elige al cartagenero Francisco de Paula Gutiérrez Linares como presidente ejecutivo del club, aunque continúa siendo el dueño del mismo. En la ciudad se movían políticos y otras entidades, se creó una plataforma de aficionados para la salvación del club, y cuando todo se veía muy negro llegó la mano salvadora de Francisco Gómez Hernández. En la temporada 2001-2002 el club queda encuadrado en el grupo IV de 2.ª B. El equipo cambia de indumentaria, se cambia el pantalón negro por el blanco, y la camiseta pasa de ser blanca a ser rayada blanca y negra.