El Vuce’ se fue como el director técnico con más títulos en el club, con 2 Ligas, 1 InterLiga y 3 Ligas de Campeones de la Concacaf. Para el Apertura 2013 hubo destacadas salidas y entradas de distintivos elementos, tales como la transferencia al Club Deportivo Guadalajara de Aldo de Nigris y la llegada del colombiano Dorlan Pabón, así como la pronta salida de este. La final de vuelta se efectuó el 1 de mayo de 2013 en un Estadio Tecnológico repleto de aficionados alentando al equipo local. En el torneo Apertura 2006 llegaron a la liguilla, en el primer juego empataron 0:0 en el Estadio Tecnológico contra los Diablos Rojos del Toluca, pero en el de vuelta perdieron 2:1, con un gol de penal marcado por Sebastián «El Loco» Abreu, pero antes les habían anulado un gol de tiro libre ejecutado por Jesús «El Cabrito» Arellano. Sin embargo el Pachuca sorprendió con gol en el último minuto del tiempo añadido y ganó en el global 1-2, coronándose en el torneo. Tras un buen torneo, el Monterrey entra a la liguilla con un total de 32 puntos; como segundo lugar general de la tabla, en la cual tendría que enfrentarse al Pachuca con una desventaja técnica ya que en el último partido del torneo regular ante el Club Deportivo Guadalajara, sufrió tres expulsiones de elementos importantes como Jonathan Orozco, Luis Ernesto Pérez y Severo Meza.
Posteriormente en el Apertura 2011 Monterrey se queda fuera de liguilla al quedar en la undécima posición con 24 puntos. Santos Laguna tomó una ventaja que parecía definitoria al anotar en dos ocasiones por conducto de Darwin Quintero (38′) y Felipe Baloy (51′), el CF Monterrey requería de 3 goles para poder proclamarse campeón ya que el empate beneficiaba al equipo de la Comarca por regla de gol de visitante; fue hasta el minuto 60, con un gol de Aldo de Nigris que la esperanza volvió al cuadro regiomontano, que con ánimos renovados se volcó al ataque. Varios goles importantes, incluyendo el que le dio al Atlético su título de Liga en 2014, vinieron de balón parado. En la liga solo alcanzó el séptimo lugar y hubo una vez más problemas financieros. Con este resultado el Monterrey llegó a 16 goles y se afianzó como segundo lugar en el goleo histórico de la Copa Mundial de Clubes de la FIFA, solo superado por el FC Barcelona con 17 dianas. Después de un torneo sin calificar, para el Clausura 2017 el conjunto albiazul regresaba a la liguilla como segundo lugar general, camiseta australia futbol en donde de nueva cuenta enfrentaba al máximo rival Tigres en la instancia de cuartos de final.
Con un marcador global final de 2:1 el equipo de Miguel «El Piojo» Herrera, fue eliminado de la liguilla. En lo referente al entrenador del primer equipo de fútbol, el 24 de mayo, se volvió a comunicar una decisión y esta era la destitución de Xavi Hernández como entrenador del F. C. Barcelona. En esos momentos, los estudiantes de las escuelas inglesas desarrollaron las abreviaturas rugger y soccer (derivado de association), para designar a ambos deportes: el rugby y el fútbol, camiseta retro futbol baratas respectivamente. La distribución adecuada de los mismos entre el talón y el resto del pie es de vital importancia para evitar torceduras o lesiones en las rodillas o tobillos durante la rotación del pie mientras éste se encuentra enclavado en el terreno. Rufete y Juan Antonio Pizzi antes de terminar 2013. La renovación en el área deportiva culmina con 6 bajas y 5 incorporaciones en la plantilla durante el mercado de invierno.
Durante la Liga de Campeones de la Concacaf 2016-17 es colocado en el grupo D junto con el Árabe Unido de Panamá y el Don Bosco FC de Haití, pero termina en 2° lugar siendo eliminado en fase de grupos. El Monterrey finalizaría el torneo eliminado en noveno lugar con 23 puntos. Por segunda vez consecutiva Monterrey asistió a la Copa Mundial de Clubes de la FIFA en su edición 2012, en su papel de Bicampeón continental de América del Norte, Centro y Caribe. En su papel de campeón de Concacaf, los Rayados obtuvieron su derecho de disputar la Copa Mundial de Clubes de la FIFA 2011 celebrada en Japón, debutando el día 11 de diciembre en el Estadio Toyota en la ciudad del mismo nombre. El 20 de abril de 2011 se jugó la final de ida en el Estadio Tecnológico empatando 2-2 con el Real Salt Lake de Estados Unidos, goles de Aldo de Nigris (18′), Nat Borchers (35′), Humberto Suazo (62′) y Javier Morales (89′). Este marcador daba ligera ventaja al cuadro estadounidense por regla de gol de visitante y llenó el entorno mediático albiazul de incertidumbre previo a un difícil partido de vuelta en un estadio en donde el Real Salt Lake ostentaba un importante récord de partidos invicto.